生物安全柜有三種類型，一級、二級及三級。

a、一級生物安全柜的特點是只保護工作人員和環境卻不保護樣品。它的原理和實通風柜大致相同，但一級生物安全柜的排氣口有HEPA 過濾器過濾進，可以防止微生物氣溶膠擴散而造成的污染。一級生物安全柜是不帶風機的，依靠外接通風管中的風機帶動氣流，以為不保護樣品，如今已較少使用；

b、二級生物安全柜是現今應用最多的一種。其特點是既保護工作人員和環境也保護樣品。依據《中華人民共和國醫藥行業標準YY0569-2005生物安全柜》，二級生物安全柜根據循環方式入口氣流風速、和排氣方式可分為4 個級別：A1 型，A2 型，B1 型和B2 型；

c、三級生物安全柜是專門為4級生物安全防護的實驗室而設計，柜體完全氣密，實驗者通過連接在柜體的手套進行操作，樣本通過雙門的傳遞箱進出安全柜來確保不受污染，適用于高風險的生物試驗，如進行SARS、埃博拉病毒等相關實驗。