生物安全柜的選擇最基本取決于生物試驗中所使用的試驗品類型：

1.如果生物試驗中只涉及微生物樣品，可以使用基本類型的生物安全柜；

2.如果生物試驗中涉及微生物樣品與微量化學試劑（非腐蝕性），使用裝備外排管道的安全柜是必要的。

3.如果生物試驗中涉及了細胞毒素類藥物，例如，各類癌癥治療藥物，必須使用的細胞毒素安全柜。

另外，需要明確了解生物安全柜與通風柜/超凈工作臺的區分，通風柜和超凈工作臺不屬于生物安全柜，不可使用在涉及微生物材料的實驗或生產過程中。

通風柜（通風櫥）是為在化學實驗過程中清除腐蝕性化學氣體和有毒煙霧而設計的；由于沒有裝備HEPA過濾器，通風柜不能有效清除微生物介質；放置在通風柜內微生物樣品會散播到柜外，污染實驗室環境。

超凈工作臺（超凈臺）是為了保護試驗品或產品而設計的，通過吹過工作區域的垂直或水平層流空氣防止試驗品或產品受到工作區域外粉塵或細菌的污染。一旦微生物樣品放置于工作區域，層流空氣將把帶有微生物介質的空氣吹向前臺工作人員而產生危險。